El Museo Popol Vuh fue fundado en 1977 por Jorge y Ella Castillo, a partir de su colección privada de objetos arqueológicos y coloniales. Ya desde los años sesenta, la colección Castillo se consideraba como una de las mejores en Guatemala, y varios objetos de la misma habían participado en exhibiciones internacionales sobre el arte prehispánico de Guatemala. En 1978, los señores Castillo donaron su colección a la Universidad Francisco Marroquín, con el objeto de establecer formalmente el museo, que se instaló en la avenida Reforma y 16 calle, zona 10, ciudad de Guatemala. Tres años después, se trasladó al edificio Galerías Reforma, Zona 9 de la misma ciudad, donde permaneció 16 años. A lo largo de este período, la colección creció por medio de varias donaciones particulares, a la vez que se hicieron los primeros esfuerzos de catalogación, restauración y conservación de los materiales.
Las instalaciones actuales abrieron sus puertas en 1997, dentro del complejo cultural de la Universidad Francisco Marroquín, que incluye el Museo Ixchel del Traje Indígena y el Auditorio Juan Bautista Gutiérrez. Paralelamente, el museo ha desarrollado un programa de actividades docentes dirigidas a escolares de todos los niveles, que busca estimular el interés de la juventud hacia el pasado prehispánico y colonial de Guatemala. Este programa se ha convertido en una de las principales actividades extra-aula en los programas de estudios sociales e historia de Guatemala.
En años recientes, el Museo Popol Vuh ha tomado participación activa en la vida cultural de Guatemala. En 1998 se creó la Orden del Pop, que el museo entrega anualmente a personas que han dedicado tiempo y esfuerzo significativo al estudio, conservación y divulgación del patrimonio cultural de Guatemala. En el año 2003, se creó el Premio Huun para la prensa arqueológica de Guatemala, que se entrega anualmente al mejor reportaje sobre un tema arqueológico publicado en la prensa escrita del país. Con esto, el museo busca estimular la participación activa de la prensa en la divulgación de temas relacionados con la arqueología de Guatemala.
El museo se ha convertido un promotor y partícipe de las investigaciones arqueológicas en Guatemala. De 1999 a 2012, patrocinó investigaciones arqueológicas de campo en la zona de Santa Lucía Cotzumalguapa, en la costa sur de Guatemala, así como el análisis de los materiales recuperados en las excavaciones dirigidas por el Dr. Oswaldo Chinchilla. El museo colaboró con la organización del Coloquio Guatemalteco de Arte Rupestre, contribuyendo así al conocimiento de uno de los aspectos menos conocidos del patrimonio arqueológico de Guatemala. Actualmente colabora en la organización de los Seminarios Internacionales de Epigrafía Maya en Guatemala y colabora directamente con el Proyecto Atlas Epigráfico de Petén, dirigido por el Dr. Dmitri Beliaev. A la vez, el museo presta apoyo a numerosos investigadores, profesionales y estudiantes, interesados en estudiar objetos de sus colecciones.
En años recientes, el Museo Popol Vuh ha participado en las exhibiciones más importantes de arte prehispánico y colonial de Guatemala. En forma permanente, mantiene programas de conservación preventiva de los objetos de su colección, y se proyecta al público por medio de conferencias y cursos libres. La exhibición permanente es una de las mejores en su género en Guatemala. Periódicamente se realizan exhibiciones especiales, respaldadas por investigaciones sólidas sobre aspectos específicos de la colección. Además, el museo cuenta con un programa permanente de escaneos y elaboración de modelos 3D de objetos prehispánicos, convirtiendose en el primer museo en Guatemala en ofrecer dicha tecnología al visitante. La visita al Museo Popol Vuh es indispensable para todos los interesados en la arqueología maya y el arte prehispánico y colonial de Guatemala.
