El objeto más antiguo de la colección del museo es una punta de proyectil de obsidiana, encontrada en Nahualá, en el altiplano occidental de Guatemala, que data de alrededor de 9,000 años AC. Esta punta es del tipo Clovis, que se caracteriza por presentar una acanaladura vertical en un solo lado, que parte de la base y se extiende aproximadamente un tercio de la longitud de la punta. Este tipo de puntas fue utilizado ampliamente en Centroamérica y América del Norte. El ejemplar del Museo Popol Vuh es uno de los pocos que se han encontrado en Guatemala.